Von den technischen Voraussetzungen her ist sowohl Windows als auch UNIX geeignet (siehe technische Voraussetzungen). In der Handhabung ist UNIX jedoch problemloser. Bei Windows NT können die Einstellungen zur Einrichtung von ShopPilot nur durch den Systemadministrator, der Zugriff auf den Server-PC hat, durchgeführt werden. Bei Unix kann in der Regel alles durch den Shop-Betreiber selbst durchgeführt werden. Aktuelle Benchmark-Ergebnisse weisen darauf hin, dass die Ausführung eines CGI-Scripts auf einer gleichwertigen UNIX Maschine schneller ist. Für die Schnelligkeit des Seitenaufbaues ist jedoch auch die Qualität der Anbindung an das Internet ein wichtiges Kriterium. 

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